N.O.V.A. 3 (de la abreviatura Near Orbital Vanguard Alliance 3) es un juego en primera persona en la que el jugador controla a Kal Wardin, un ex soldado de las fuerzas especiales N.O.V.A. encargadas de proteger a la raza humana de ataques alienígenas

Luego de 4 años de los sucesos acontecidos en el juego anterior Kal Wardin estaba retirado de las filas de N.O.V.A. cuando recibe una llamada de emergencia de su amiga, la IA Yelena. El acude urgentemente hacia la ubicación de la llamada de su amiga, topándose con el abandonado planeta Tierra.